Cuando vayamos a desarrollar un proyecto en eXeLearning, lo primero que debemos realizar es el árbol de contenidos, es decir, deberemos crear el conjunto de páginas, o nodos, que conformarán nuestro proyecto. En primer lugar se debe diseñar la organización de las diferentes páginas y determinar el anidamiento, o jerarquía, que tendrá cada una dentro del árbol de contenidos.
Por ejemplo, se pueden crear una serie de páginas, o apartados principales, y para cada uno de los ellos, crear otras páginas jerárquicamente dependientes de los primeros, y que conformarán los diferentes subapartados. El nivel de anidamiento de las páginas dependerá de las necesidades de nuestro proyecto, aunque es recomendable no utilizar más de tres niveles.
Desde aquí, podremos llevar a cabo las acciones básicas sobre el árbol de contenidos o estructura del proyecto: crear páginas nuevas, renombrarlas, cambiarlas de orden, modificar la jerarquía entre ellas y borrarlas.
Añadir página
Cuando creamos un nuevo proyecto con eXeLearning, la página Inicio ya aparece en el árbol de contenidos para, a partir de ella, ir desarrollando la estructura. Esta página inicial será la única que no podrá ser borrada, pues es el eje desde el que se vertebrará la estructura de nuestro proyecto. Por tanto, todas las demás páginas que vayamos creando, serán de rango o jerarquía inferior a la de Inicio. Esta peculiaridad de la página Inicio hace que suela aprovecharse como portada del proyecto.
Para crear las páginas siguientes, nos situaremos sobre la página Inicio y pulsaremos el botón Añadir página tantas veces como páginas deba tener nuestro proyecto. Para crear una subpágina, o nodo dependiente de una página determinada A, nos situaremos sobre dicha página y, a continuación, pulsaremos Añadir página. Comprobaremos que al instante se nos creará una página jerárquicamente inferior. Repetiremos este paso tantas veces como subpáginas necesitemos.
No debemos preocuparnos en exceso por definir el orden y jerarquía preciso de nuestras páginas, pues en todo momento podremos ir reorganizando los nodos de nuestro proyecto, tanto cambiando el orden como la jerarquía entre ellos, mediante los pares de botones 
y 
, respectivamente. Si cambiamos de idea o creamos una página en un lugar equivocado, respecto a esta jerarquía, se podrá modificar dicha jerarquía en cualquier momento del diseño de nuestro proyecto; incluso, con el proyecto ya publicado, pues fácilmente realizaremos las modificaciones oportunas y, tras guardarlo, lo volveremos a publicar.
Borrar
Para borrar una página, nos situaremos sobre ella y pulsaremos el botón Borrar. Deberemos tener especial precaución y, antes de borrar una página, nos aseguraremos de no borrar algo que no deseemos. Si borramos una página que contiene subpáginas, estaremos eliminando toda la esa rama del árbol de contenidos. Si lo que deseamos es borrar solo una página de mayor rango, de la que parte una rama con varias subpáginas que no nos interesa eliminar, existen varios trucos. El más sencillo sería subir de rango las subpáginas provisionalmente, para mantenerlas a salvo del borrado y, de este modo solo borraríamos la página deseada. Posteriormente, reubicaríamos las subpáginas que habíamos subido de nivel. Otro modo consistiría en cambiar de rama las subpáginas, de manera provisional, para después volverlas a reubicar.
Renombrar
Si se desea cambiar el nombre de una página previamente creada, bastará con seleccionar la página en cuestión, desde el árbol de contenidos, y pulsar el botón Renombrar. Un modo más rápido para renombrar una página es hacer "doble clic" sobre ella, también desde el árbol de contenidos. Debe tenerse en cuenta que el nombre de la página será el título que aparecerá al comienzo de la misma.